La prehistoria de Yolomécatl es larga, complicada e interesante ya que en el municipio se encontraron evidencias de asentamientos que datan a la época Cruz tardía (700-300 a.C.), hace más de 2,300 años. La mayoría de los sitios de esta época no son muy grandes y se detectaron por medio de concentraciones dispersas de artefactos. Por el tamaño de tales se considera que representa ranchitos y aldeas.

La siguiente fase reconocida por los arqueólogos se llama Ramos, que data de 1,800 a 2,300 años, durante esta época hubo un crecimiento de población en la región. Sitios muy conocidos como Huamelulpam, Monte Negro y Monte Albán se construyeron en otros lugares. En Yolomécatl se construyeron sitios grandes en los cerros Yucuniñi, al norte del pueblo y el cuate al sur del pueblo. En el cerro Yucuniñi vivieron de 350 a 810 personas y en el cerro Cuate 790 a 1575 habitantes. Estos sitios tienen algunos montículos y terrazas, en donde se vivía y se cultivaba.

Por el tamaño y construcción encontrados en los sitios de la fase Ramos, se piensa que algunas aldeas siguieron siendo pequeñas pero otras áreas y laderas se ocuparon por primera vez y llegaron a formar aldeas grandes y pueblos. Pensamos entonces que existió un nivel más complejo de organización política en la localidad lo cual facilitaba las construcciones públicas como son: los mogotes, o las terrazas grandes.

El tiempo transcurrió y la siguiente fase con la que se trabaja se llama Las Flores (200 a 1000 d.C.) hace 1,000 a 1,800 años. En esta época es contemporánea con el auge de Monte Albán y Teotihuacán. En Yolomécatl la época se caracteriza también con un gran auge de construcción y crecimiento de población el sitio más grande se encuentra en el cerro Yucudavico al noreste del pueblo donde hace 1,800 años vivieron entre aproximadamente 1,400 a 2,800 personas. Durante esta época hay mayor evidencia de construcción de terrazas habitacionales y montículos.

Algunos sitios reflejan complejidad en construcción mayores poblaciones y llegan a hacer aldeas grandes y pueblos, en algunos sitios se denota una gran inversión de trabajo en construcción de muros de retención y series de terrazas para la agricultura. Para la fundación de esta comunidad se unieron 6 caciques emigrantes de San Juan Achiutla quienes son: Iniyoo, Shiquivaa, Diquiyu, Yucuñundee, Ndautevi, Nduadinda.